经常做分子实验的同学都知道，核酸染料可以和核酸分子（DNA、RNA，本文以DNA为例）相结合，在激发光的照射下发出荧光。核酸电泳就是利用这个原理通过核酸染料来指示DNA片段的大小和大致的浓度。

不同的核酸染料的分子结构不同，与DNA结合的方式也不同，如果在电泳前结合的话会对电泳产生不同程度的影响。这一期，小编就为大家厘清不同染料之间的区别。

下图是东盛生物的Marker1用两种不同的染料染色后（胶染法，即制胶时加入染料，预染法的一种）的电泳图

从上图可以看出染料的用量和染料的种类都会影响DNA条带的形状和分离情况。

关于核酸染料对电泳的影响已经引起了很多科研人员的重视，如2018年的一篇文章《核酸染料GeneGreen可影响DNA琼脂糖凝胶电泳条带的质量》阐述了一种新型核酸染料对DNA电泳的影响远大于传统核酸染料溴化乙锭（EB）。


该文主要验证了胶染法和后染法（电泳后置于染液中染色）对DNA条带的不同影响，主要实验内容如下：


结果：在含１×ＧｅｎｅＧｒｅｅｎ的琼脂糖凝胶中，３种ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ的较大条带均不单一，呈“拖尾”现象；而最小的Ｍａｒｋｅｒ条带单一，无扭曲和拖尾”（图１Ａ）。在含１×溴化乙锭的琼脂糖凝胶中，３种ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ的条带均呈现单一的条带（图１Ｂ）。


结果：在含２×ＧｅｎｅＧｒｅｅｎ的琼脂糖凝胶中，３种ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ较大相对分子质量的条带均不单一，而较小相对分子质量的条带无扭曲和“拖尾”，但总体质量较１×核酸染料的凝胶好；而在２×溴化乙锭的琼脂糖凝胶中，３种ＤＮＡ  Ｍａｒｋｅｒ的条带均呈现单一的条带，与１×溴化乙锭的琼脂糖凝胶中的条带质量无明显差异（图２）。


结果：采用核酸电泳后琼脂糖凝胶染色的方式，１×ＧｅｎｅＧｒｅｅｎ（图３Ａ）和１×溴化乙锭（图３Ｂ）两种核酸染料的琼脂糖凝胶中均可以见条带单一、无扭曲的ＤＮＡ条带。（图中后染法的染色效果不太好，但其实后染法也可以把条带染得很清晰。）

除了GeneGreen外，其他新型核酸染料如GelRed、GelGreen、以及SYBR系列等染料均会影响DNA的迁移。

原因在于核酸染料通过静电作用结合DNA后改变了DNA的空间结构，DNA携带的负电荷减少，分子量增大，使DNA分子在琼脂糖凝胶中的相互作用力发生了改变。其运动特点就与未结合染料的DNA分子不同了。

EB结合DNA的方式是直接嵌入碱基对之间，对DNA的空间结构影响不大，因此对DNA的迁移影响也不大。

出于安全考虑，新型核酸染料的分子结构都大于EB，以使其不能穿透细胞膜进入人体细胞。

这些新型染料与较短ＤＮＡ分子结合后，电泳过程中不会出现ＤＮＡ条带扭曲或“拖尾”现象；而在与较长ＤＮＡ分子结合后，能够影响ＤＮＡ条带的形态。

现在我们明白了染料对核酸电泳的影响，关于怎样避免新型染料的这种干扰，有以下建议：

1. 采用后染法进行染色

2. 选择质量好、干扰小的核酸染料

3. 选用与染料配套的DNA Marker

由于不同厂家的DNA Marker生产工艺不同，与不同核酸染料的搭配效果也可能不同。在使用东盛DNA Marker时如果出现了条带异常的现象，请及时向我们反馈。技术支持邮箱technique@dongshengbio.com。

大家使用预染法时，可依据染料类型选购东盛生物经典DNA Marker或LD系列DNA Marker。

如使用东盛生物DSRed或其他新型无毒核酸染料，请搭配LD DNA Marker;

如使用EB或Goldview类核酸染料，请搭配经典DNA Marker。

特别提醒，市场上核酸染料名称繁杂，质量参差不齐，不能强求所有染料染色的Marker都有良好效果哦~